根据实验目的不同可开展条带的回收和序列分析，选取各处理中目的条带进行产物回
收，并以此为模板进行

2 次 PCR 扩增，连接转化后，通过菌落 PCR 和酶切验证克隆后，提

取质粒，交由生物公司测序。将测序结果提交到

GenBank 中进行 Blast 比对分析，采用生物

信息学软件分析序列，确定微生物种类，并提交序列。

 

　　

3　DGGE 技术在发酵微生物多样性研究中的应用 

　　

3.1　DGGE 技术在发酵细菌多样性研究中的应用 

　　

Ercolini 等[5]（2003）通过扩增 V3 区和 V4-V5 区的 DGGE　发现英格兰传统奶酪

Stilton 是由植物乳杆菌、卷曲乳杆菌、乳酸乳球菌等复杂的微生物组成。Cocolin 等[6]
（

2005）应用培养法和免培养法的 DGGE 分析技术研究了意大利东北部的 3 种天然发酵腊

肠中的微生物生态，发现腊肠中存在卷曲乳杆菌和沙克乳杆菌。邢德峰等

[7]（2005）应用

DGGE 技术分析了产氢发酵系统微生物群落动态及种群多样性。间隔 7d　从反应器取厌氧
活性污泥，获得污泥微生物群落的

16S　rDNA　指纹图谱。梁新乐等[8]（2008）采用

DGGE 法研究了泡菜中微生物群落结构的多样性，并明确了微生物的种类和组成。韩吉雨等
[9]（2009）采用 DGGE 方法分析了玉米及苜蓿青贮动态发酵体系中细菌菌群多样性，发现
大多数序列代表乳酸菌（

LAB）类细菌，并以 Lactobacillus 类最多；其次为 Lactococcus 和

Weissella。陈长卿等[10]（2012）采用 DGGE 技术分析了草菇以废棉为主要成分的培养料在
二次发酵过程中细菌群落结构变化情况，细菌群落多样性较为丰富，条带多样性随着发酵
进程逐渐降低，而且在不同阶段中的优势条带及相对丰度在发生着动态的变化。回收克隆的
23 个不同发酵阶段的优势菌株来自于 Proteobacteria、Bacteroidetes 和 Firmicutes3 个菌门的
11 个 属 ， 其 中 19 株 克 隆 菌 株 为 耐 热 细 菌 ， 在 发 酵 的 高 温 及 降 温 阶 段 ，
Stenotrophomonas 、Comamonas、Sphingobacterium 和 Sinorhizobium 属细菌为优势类群。

 

3.2　DGGE 技术在发酵真菌多样性研究中的应用 
　　相比

DGGE 技术在发酵细菌多样性研究中的广泛应用，关于在真菌中的应用研究报道

并不多。

Cocolin[11]在 2000 年建立了一种有效检测酵母的 DGGE 方法，并利用 DGGE 技术

检测了实验室小规模发酵酒中的酵母，可以鉴定至少

4 种不同的酵母[12]。Nielsen 等运用

DGGE 技术分析了加纳可可发酵过程的酵母数量，在大部分发酵过程均检测到了汉森酵母、
假丝酵母和毕赤酵母的某些种，推测这些微生物在可可发酵过程可能起着重要作用

[13]。高

秀芝等

[14]（2011）以天源酱园生产豆酱为研究对象，通过 PCR-DGGE　指纹图谱技术分

析 豆 酱 发 酵 过 程 中 微 生 物 群 落 动 态 变 化 ， 发 现 豆 酱 发 酵 过 程 中 主 要 真 菌 为 米 曲 霉
（

Aspergillus　oryzae，相似率 99%）　的近缘种，在豆酱发酵前期分解原料中蛋白质和淀

粉。

 

　　参考文献

 

　　

[1] Fischer　S　G，Lerman　L　S.DNA　fragments　differing　by　single　base-pair 

substitutions 　 are 　 separated 　 in 　 denaturing 　 gradient 　 gels ： Correspondence 　 with  
melting　theory[J].Proc　Natl　Acad　Sci，　1983，80：1579-1583. 
　　

[2] Muyzer　G，Waal　E　C，Uitterlinden　A　G.Profiling　of　complex　microbial 

populations 　 by 　 denaturing 　 gradient 　 gel 　 electrophoresis 　 analysis 　 of 　 polymerase  
chain 　 reaction 　 amplified 　 genes 　 encoding 　 for 　 16S 　 rRNA[J].Appl 　 Environ  
Microbiol，1993，59：695-700. 
　　

[3] Zhou　J，Bruns　MA，Tiedje 　JM.DNA　recovery　from　soils　of　diverse  

composition[J].Appl　Environ　Microbiol.1996，62（2）：316-322. 
　　

[4] Maarit　Niemi　R，Heiskanen　I，Wallenius　K，Lindstrm　K.Extraction　and 

purification　of　DNA　in　rhizosphere　soil　samples　for　PCR-DGGE　analysis　of 
bacterial　consortia[J].J　Microbiol　Methods.2001，45（3）：155-165.